サクラエディタを使っていて気になったことがあったので、どなたか教えてください。

ＯＳは、Windows Vistaを使用しています。
Apache2.2をインストールしてファイル編集をしました。
サクラエディタのunicode版を使用しています。

C:\Program Files\Apache...\Apache2.2\conf\httpd.conf
のファイルを編集していた時ですが
設定がいくら行っても反映されず悩んでいました。

一度上記のファイルを削除して、同ファイル名で別のファイル（異なる内容）を格納しました。
置き換えたファイルをサクラエディタで開くと！！！
削除したファイル内容になっています。

この時に、同ファイルをサクラエディタとメモ帳で開くと
異なる内容を表示されます。

私には意味不明すぎてわかりません。
Program Files内は、サクラエディタで編集できないのでしょうか？
また、編集したファイルはどこに保存されているのでしょうか？

ファイル操作内の時にセキュリティをユーザーフルコントロールに変更しています。
どなたか教えていただけませんでしょうか？