>そこで、ヘルプにしたがってC:\Documents and Settings\<username>\My Documents\sakura_settings\sakura.iniを作成し、以下のように書き込みました。
>
>[Settings]
>MultiUser=1
>UserRootFolder=2
>UserSubFolder=sakura_settings
例2ですね。
これ、ヘルプの該当ページの上のほうをよく読むと、自分のフォルダの sakura.ini ではなくて、
上記内容を「sakura.exe.iniという名前で、sakura.exeと同じフォルダに置く」必要があることがわかります。
つまり、設定するには管理者権限(正確にはPower Users以上)が必要です。

もし管理者権限は利用不可で、個別のアプリケーションのインストール許可がある場合は、sakuraを自分のプロファイル(C:\Documents and Settings\<username>\以下)に別でインストール(プログラムファイルをコピペ)することもできます。
マイドキュメントの中のsakura_settingsにおいても問題ありません。
この場合は、sakura.exe.iniはあっても動きますが不要です。

どっちも不可能の場合は、管理者にご相談ください。

共通インストール+個別でサクラエディタを使う場合のファイルの関連付けは、やこしいことになります。
一般ユーザで運用されているので、知っているかもしれませんが、他の人にも参考になるように書いておきます。
従来の方法で関連付けを変更すると自分以外はファイルを開けなくなりますので、以下の手順で、
自分の関連付けだけ変更するようにします。
sakurauserの部分は、末尾が数字でないならなんでもいいです。
ちなみに個人のほうをUnicode版にすると、「サクラエディタW」になるので区別できて楽です。
以下の手順は Windows XP SP3 Home の制限付きアカウント(=一般ユーザ)で確認しています。
Proは場合によって違うかも。
1. 自分のsakura.exeを改名してsakurauser.exe 等にする
これは、OSの関連付けシステムが実行ファイル名のみで区別しているために変更を推奨します
2. 自分が起動するのは、必ずsakurauser.exeのほうにする
3. インストーラ付属の関連付けツールは(使えないと思うけど)使わない
4. ファイルを右クリックして「プログラムから開く(H)>]-[プログラムから選択]で関連付けを変更
・もしwebから探すかどうか表示されたら「一覧からプログラムを選ぶ」で選ぶ
・[この種類(中略)いつも使う]をチェック←これがユーザ別関連付けの指示
・一覧に「サクラエディタ」があるかもしれないですが、これは共通インストールの方だと思うので選ばない
・[参照]で、自分のsakurauser.exeを選ぶ
・一覧に前からあれば「サクラエディタ」が2つ表示される。今[参照]で選んだほうが自動で選択された状態になる
・「ファイルを開くプログラムを選択」を[OK]で閉じる
関連付けをエクスプローラのフォルダオプションで変更..とおもったら制限付きアカウントではできませんでした。