はい。変えてしまいました。

1.6.5と 1.6.6の間で、bregonig.dllを使っているときの正規表現検索
に違いがあります。「.」が \nに加えて \rにもマッチしなくなり、
「$」のマッチ範囲が \r,\nを含む行末(条件により \r,\nを含まない)から、
常に \r,\nを含まない行末になりました。

1.6.5の $は .や否定の文字クラスと組み合わせたときに CRLFの LFのみと
マッチしてしまい、改行文字が意図せず<del>LFに</del>変わってしまう不都合がありました。
$は(他の実装にならえば)「文字列の末尾(最後の文字の直後)」と、フラグにより
「行末(改行文字の直前)」にマッチするものです。$が改行文字の直前(行末)と
直後(行文字列の末尾)の両方にマッチする選択肢もないではなかったのですが、
その場合、$を対象に一括置換を行ったときに、一行につき二回ずつ置換が行われる
不都合がありました。

$は「行末(改行文字の直前)」にのみマッチする
ということで理解をいただきたいと考えています。

# 不具合修正や機能追加が行われた bregonig.dll 1.48が
# K.Takata氏によりリリースされています。