エディタが書き込む設定と読み込む設定が別々のファイルになってるんでしょうか。
エディタのディレクトリ、AppData\Roamingの下の方、AppData\Local\VirtualStore
の下の方に余計な sakura.iniがありませんか。

または何らかの理由で sakura.exe.manifestで指定した保存先に
sakura.iniを書き込むことができていないなど。エクスプローラで
その場所に新規テキストファイルを作ることはできますか。

> Windows起動直後およびサクラエディタ再起動時、必ずメニュー、ツール、タブが初期化されてしまいます。対処方法をご教授願えませんでしょうか。

これは、
・インストール先がProgram Files下（C:\Program FilesやC:\Program Files (x86)）
・シングルユーザ指定
でインストールした後、インストーラが設置した適切なマニフェストファイルを誤って別のマニフェストファイルで上書きしまった場合に起きる現象ではないかと。

ヘルプの「Virtual Store」や「ユーザー別設定」の項をよく読めば手動で手直しすることも可能と思いますが、一度アンインストールし、フォルダごと完全に削除してから、Unicode版のインストーラで再インストールするのが手っ取り早いかと。

その際、下記(1), (2)のどっちかにしたほうがいいと思います。
(1) Program Files下にインストールしたいならマルチユーザ指定（設定をユーザーごとに個別に管理する）にしておく
(2) シングルユーザ指定にしたいならProgram Files下以外の場所にインストールする
　（C:\App など、自分で作成した別フォルダにインストールする）

デフォルトのままインストールを進めると自動的に(1)になると思います。