折り返しを含むかどうかではなく、置換範囲が「選択範囲」
「ファイル全体」かどうかでボタンの有効・無効が決まって
いるようにみえます。検索を行うと選択範囲が検索で見つかっ
た部分に変更されてしまい、置換範囲がわからなくなってし
まうからなのかな？と思いますが実際のところはわかりません。

役に立たないレスで申し訳ありませんが、置換ができないのは
大問題だと思い急いで試してみた結果です。置換はできませ
んがすべて置換はできます。

範囲を指定した場合も他と同じようにひとつひとつ置換がで
きれば便利だとは思います。少なくとも不便に感じることは
なくなるでしょう。