Win98SE と Win2000 で、1.2.33.0、1.2.34.3（JRE32 最終版）、1.2.100.1 で確認しました。
------
a

b
c
-----
というテキストで、b と c の前にそれぞれ X を挿入したいとします。
検索文字列「^」、置換文字列「X」として、b の行頭にカーソルを置いて、正規表現で [置換] ボタンを押します。
すると、JRE32 版では、
------
a
X
b
c
-----
と b の行ではなくその前の行に挿入されてしまいます。

BREGEXP 版で（/^/ と指定して）実行すると、1 度はうまくいきますが、置換してもマッチが移動せず、2 度ボタンを押すと
------
a

XXb
c
-----
となります。


ほかに、範囲選択している状態で [置換] メニューを開くと、[選択範囲] のラジオボタンが有効になっています。
過去ログによると、まだ実装されていないので殺してあるとのことですが、うまく殺されていないようです。