▼ syatさん
> 今のところ解決策はありません。
> 多くのプログラムがそのような動きをするようです。
>
> サクラエディタはファイルの保存時に_tfopen関数の"wb"モードでファイルを開いていますが、"w"モードで開くと代替ストリームが消えてしまうようです。"a"モードで開くと代替ストリームが保持されますが、追記なので保存処理には使えません。
>
> どうしても代替ストリームを保持したい場合はファイルのバックアップをとってから編集し、保存後にコマンドプロンプトで
> more < foo.bak:bar > foo:bar
> のようにバックアップから再設定できます。（テキスト限定）

ご回答ありがとうございます。
tfopen関数に関して無知であるため調べてみようと思います。

解決策はなさそうですが、原因が分かりそうでうれしいです。
ありがとうございました。