サクラエディタVer.2.1.1.2を使っています。
そこでバグ？というか仕様なのか？気になったので書き込みます。
もし、バグなら期待する動きのように変わるか部分採用して欲しいです。
現在は、以下の動きになってます。
1. テキストファイル(以下A)をサクラエディタで開く。
2. サクラエディタで開いたAを閉じる。
3. Aをエクスプローラーで削除、もしくは、移動させる。
4. サクラエディタの「ファイル」→「最近使ったファイル」→"Aがあったファイルパス"をクリックする。
5. 新しいタブor新しいウィンドウに"Aがあったファイルパス"のファイル名で新規ファイルとして開かれる。
6. そのまま文字を入力して「上書き保存」すると"Aがあったファイルパス"でファイルが保存される。
期待する動き
5a. ダイアログとして「ファイルが移動、もしくは削除されて存在していません。[改行]履歴を消しますか？（はい/いいえ）」と出す。
6a. 5a.で「はい」を選んだら「最近使ったファイル」から"Aがあったファイルパス"を削除する。
6b. 5a.で「いいえ」を選んだら「最近使ったファイル」から"Aがあったファイルパス"は削除せずに
"Aがあったファイルパス"のファイル名(仮)で新規ファイルとして開く。
7b. そのまま文字を入力して「上書き保存」すると"Aがあった"のフォルダで「名前を付けて保存」のダイアログが表示される。
ここでの「Aがあったファイルパス」のイメージとしては「ドライブ名から拡張子」までを含んだものを示しています。