私も同様でした。
開くたびに「前回は＊＊でしたが＊＊で開きますか」みたいなのが表示されます。
私は遭遇する可能性がない状況ですが。
ver 2.1.1.4

> +G10)
まず、これはUTF-7として正しい文字列です。ですので誤認識ではありません。
Base64の後ろの-は、Base64に含まれない文字列が来た場合省略可能です。

しかし一方で、UTF-7はめったに使われず誤認識する方が有害っぽいので、パッチは作りました。
https://sourceforge.net/p/sakura-editor/patchunicode/988/
・UTF-7で「-」で終わっていないBase64部分をポイント加算しないように
・UTF-7でBOM認識処理を無効化
BOM認識は他の自動認識より優先度が高いので、データに8bitが混ざっててもUTF-7に誤認識します。