「なにかアラート」の表示が「前回と同じ文字コード...」だった場合、あなたが正しく答えなかったりすると文字化けします。
サクラエディタは前回開いたときの文字コードを覚えていて、それと違う文字コードっぽいのを検出すると確認ダイアログを出します。
自動検出は完璧に検出できるわけではないので間違えることもあります。

文字化けしていた場合、ステータスバーの文字コード名表示を確認して、実際と異なる場合は、
「ファイル」→「開き直す」→「xxxで開き直す」で実際のエンコードを選びましょう。
それでも直らないなら他のエンコードの開き直すも試してみてください。

2.1.1.1 → 2.1.1.4の間で、「デフォルト文字コードの設定が適用されない」バグが
修正されているので挙動が違うのかもしれません。
このバグはファイル名に応じた「タイプ別」のデフォルトコードが適用されるべきところで
「基本」のデフォルトコードが適用されていたバグなので、その辺をいじったのなら設定を確認してください。
サクラエディタは文字コード判別にファイルの先頭付近しかみないので、
長いJavaScriptとかCSSとかヘッダが先頭に大量についているとデフォルトコードが選択されやすいです。
2.1.1.4では「基本」のデフォルトコード以外に各タイプ別のデフォルトコードも設定が必要という意味です。