消える文字というのが入力位置より後ろの文字列のことなら、Ins/Insertキーによる上書きモードというものがあります。
サクラエディタではステータスバーの右下に[上書]/[挿入]という表示が切り替わるようになっていて、それが[上書]だと、入力位置より後ろの文字がIMEを確定すると入力した文字分消えます。
IMEがoffのときも1文字入力するごとに1文字分が消えます。
サクラエディタではすごく古いバージョンでなければ、新しいウィンドウは必ず挿入モードになるようになっています。
「共通設定」の「キー割り当て」でキー「Ins」に「挿入／上書きモード切り替え」が割り当てられてるので「解除」して「未割付」にすればOKです。
　この挿入・上書きモードというのは、OfficeやIEなどのアプリにも搭載されている一般的なものです。

ほかの原因などの場合はバグっぽい動きなので、使っているOS、IME、sakuraの種類・バージョンを書いたほうがいいと思います。
参考になれば幸いです。