▼ ねこさん
> -Mのマクロも-Yのように既にファイルが開かれていても
> 実行出来るようにする方法はありませんでしょうか？
ありません。
-Yオプションの動作自体、要望で追加されたもののようです。
必要であれば自己改造を試みてみるといいと思います。
該当部分のソースは↓のあたりです。
https://sourceforge.net/p/sakura-editor/code/HEAD/tree/sakura/trunk2/sakura_core/_main/CNormalProcess.cpp#l121121行目で起動済みのエディタプロセスと通信しています。
基本的にはこれを真似ればいいんですけど、
プロセス間通信になりますので、実装は少し手間かもしれません。