ちょっと修正。
Editor.ReplaceAll() を使わない仕様になりました。
これにより置換中のプログレスがなくなり、ハイライトも消えません。

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CommentAdd.js
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/*
* @file CommentAdd.js
* @brief 選択範囲、もしくはカーソル行をコメントアウトするサクラエディタマクロ
* @author phodra
*
* maru氏作成の同様のマクロを改変したもの。
* http://sakura.qp.land.to/?Macro%2F%C5%EA%B9%C6%2F64
*
* ・各折り返しモード対応。
* ・検索マークがちらつかない。
* ・終了時に選択範囲を復元する。
*
*** 2015/01/03 0.2 Editor.ReplaceAll() を使用しない
*** 2015/01/01 0.1 Editor.ReplaceAll() を使用するバージョン
*
*/

(function(){

// エディタがビューモード(読み取り専用)なら終了。
if( Editor.ExpandParameter("${R?r$:$:$}") == "r" ) return;
// 拡張子別にコメントステートメントを定義
var comment = new Array();
comment["cpp"] = "//"; comment["c"] = "//"; comment["h"] = "//";
comment["js"] = "//"; comment["java"] = "//";
comment["php"] = "//"; comment["uws"] = "//";
comment["mac"] = "//"; comment["ppa"] = "//";
comment["vbs"] = "'"; comment["bas"] = "'"; comment["frm"] = "'";
comment["cls"] = "'"; comment["vb"] = "'";
comment["cgi"] = "#"; comment["pl"] = "#"; comment["pm"] = "#";
comment["asm"] = ";"; comment["ini"] = ";"; comment["inf"] = ";";
comment["cnf"] = ";"; comment["conf"] = ";";
comment["tex"] = "%";
comment["cmd"] = "REM ";
comment["bat"] = "REM ";
comment["txt"] = "　"; comment["noext"] = "　";

// 拡張子を切り出し
var fname = Editor.ExpandParameter("$f");
var ext = fname.substring( fname.lastIndexOf(".") + 1);
ext = ext==fname? "noext": ext.toLowerCase();
// 登録されていない拡張子であれば終了。
if( comment[ext] == null ) return;

// ちらつき防止
Editor.SetDrawSwitch(0);

// 選択モード（この変数は復元する際にも使用する）
var selmode = Editor.IsTextSelected();
if( selmode ){ // 選択状態
// レイアウト座標を取得
var lay_fl = Editor.GetSelectLineFrom();
var lay_tl = Editor.GetSelectLineTo();
// レイアウト座標をロジック座標に変換
// 選択位置のロジック座標を取得する関数はない？
var fl = Editor.LayoutToLogicLineNum( lay_fl );
var tl = Editor.LayoutToLogicLineNum( lay_tl );
var fc = Editor.LineColumnToIndex( lay_fl, Editor.GetSelectColmFrom() );
var tc = Editor.LineColumnToIndex( lay_tl, Editor.GetSelectColmTo() );
// 行選択でマクロに入った場合、一つ上の行までにする
var endl = tc==1? tl-1: tl;

// 範囲内の行を配列としてとる
var lines = new Array();
var str = "";
for( var i=fl; i<=endl; i++ ){
str = Editor.GetLineStr(i)
lines.push( comment[ext] + str );
}

// 必要な範囲を行選択
Editor.MoveCursor( fl, 1, 0);
Editor.MoveCursor( endl, str.length+1, 1);

// 選択範囲を上書き
Editor.InsText( lines.join("") );

// 選択範囲を復元
Editor.MoveCursor( fl, fc+comment[ext].length, 0);
Editor.MoveCursor( tl, tc==1? tc: tc+comment[ext].length, selmode);
}else{ // 選択していない
// ロジック座標を取得
// 選択範囲がないのでレイアウトから変換する必要はない
var l = parseInt(Editor.ExpandParameter("$y"));
var c = parseInt(Editor.ExpandParameter("$x"));

// 行頭に移動
Editor.MoveCursor( l, 1, 0);
// コメントステートメントを挿入
Editor.InsText(comment[ext]);

// 位置を復元
Editor.MoveCursor( l, c+comment[ext], selmode);
}

// 描画フラグを戻してから再描画
Editor.SetDrawSwitch(1);
Editor.ReDraw(0);

})();

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CommentRemove.js
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/*
* @file CommentRemove.js
* @brief 選択範囲、もしくはカーソル行のコメントを外すサクラエディタマクロ
* @author phodra
*
* maru氏作成の同様のマクロを改変したもの。
* http://sakura.qp.land.to/?Macro%2F%C5%EA%B9%C6%2F64
*
* ・各折り返しモード対応。
* ・検索マークがちらつかない。
* ・終了時に選択範囲を復元する。
*
*** 2015/01/03 0.2 Editor.ReplaceAll() を使用しない
*** 2015/01/01 0.1 Editor.ReplaceAll() を使用するバージョン
*
*/
(function(){

// エディタがビューモード(読み取り専用)なら終了。
if ( Editor.ExpandParameter("${R?r$:$:$}") == "r") return;
// 拡張子別にコメントステートメントを定義
var comment = new Array();
comment["cpp"] = "//"; comment["c"] = "//"; comment["h"] = "//";
comment["js"] = "//"; comment["java"] = "//";
comment["php"] = "//"; comment["uws"] = "//";
comment["mac"] = "//"; comment["ppa"] = "//";
comment["vbs"] = "'"; comment["bas"] = "'"; comment["frm"] = "'";
comment["cls"] = "'"; comment["vb"] = "'";
comment["cgi"] = "#"; comment["pl"] = "#"; comment["pm"] = "#";
comment["asm"] = ";"; comment["ini"] = ";"; comment["inf"] = ";";
comment["cnf"] = ";"; comment["conf"] = ";";
comment["tex"] = "%";
comment["cmd"] = "REM ";
comment["bat"] = "REM ";
comment["txt"] = "　"; comment["noext"] = "　";

// ちらつき防止
Editor.SetDrawSwitch(0);

//拡張子を切り出し
var fname = Editor.ExpandParameter("$f");
var ext = fname.substring( fname.lastIndexOf(".") + 1);
ext = ext==fname? "noext": ext.toLowerCase();
// 登録されていない拡張子であれば終了。
if( comment[ext] == null ) return;

// 置換対象にする部分の正規表現
// なぜかエスケープしないといけない
var uncmt = new RegExp("\(\^\\s\*\?\)" + comment[ext]);
// 選択モード（この変数は復元する際にも使用する）
var selmode = Editor.IsTextSelected();

if( selmode ){ // 選択状態
// レイアウト座標を取得
var lay_fl = Editor.GetSelectLineFrom();
var lay_tl = Editor.GetSelectLineTo();
// レイアウト座標をロジック座標に変換
// 選択位置のロジック座標を取得する関数はない？
var fl = Editor.LayoutToLogicLineNum( lay_fl );
var tl = Editor.LayoutToLogicLineNum( lay_tl );
var fc = Editor.LineColumnToIndex( lay_fl, Editor.GetSelectColmFrom() );
var tc = Editor.LineColumnToIndex( lay_tl, Editor.GetSelectColmTo() );
// 行選択でマクロに入った場合、一つ上の行までにする
var endl = tc==1? tl-1: tl;

// 範囲内の行を配列としてとる
var lines = new Array();
var reped = new Array();
var str = "";
var cnt = 0;
for( var i=fl; i<=endl; i++ ){
str = Editor.GetLineStr(i);
var rep = str.replace( uncmt, "$1" );
lines.push( str );
reped.push( rep );
if( str == rep ) cnt++;
}

// 処理していない行が全体の行数に等しいときは何もしない
if( cnt < reped.length ){
// 必要な範囲を行選択
Editor.MoveCursor( fl, 1, 0);
Editor.MoveCursor( endl, str.length+1, 1);

// 選択範囲を上書き
Editor.InsText( reped.join("") );

// 範囲復元時のX位置
// コメントステートメントより後ならコメントステートメントの字数分ずらす
// コメントステートメントの中ならコメントステートメントが現れた位置
// コメントステートメントより前ならそのままの位置
var idx = lines[0].indexOf( comment[ext] );
var gap_f =
fc>idx+comment[ext].length? fc-comment[ext].length:
fc>idx+1? idx+1:
fc;
idx = lines[lines.length-1].indexOf( comment[ext] );
var gap_t =
tc>idx+comment[ext].length? tc-comment[ext].length:
tc>idx+1? idx+1:
tc;
// 選択範囲を復元
Editor.MoveCursor( fl, gap_f, 0);
Editor.MoveCursor( tl, gap_t, selmode);
}
}else{ // 選択していない
// ロジック座標を取得
// 選択範囲がないのでレイアウトから変換する必要はない
var l = parseInt(Editor.ExpandParameter("$y"));
var c = parseInt(Editor.ExpandParameter("$x"));
// 対象行の文字列を取得
var str = Editor.GetLineStr(l);
// コメントステートメントを除去した文字列
var rep = str.replace( uncmt, "$1" );

if( str != rep ){
// 行選択
Editor.MoveCursor( l, 1, 0);
Editor.MoveCursor( l, str.length+1, 1);

// 置換した文字列で上書き
Editor.InsText( rep );

// 復元時のカーソルX位置
// コメントステートメントより後ならコメントステートメントの字数分ずらす
// コメントステートメントの中ならコメントステートメントが現れた位置
// コメントステートメントより前ならそのままの位置
var idx = str.indexOf( comment[ext] );
var gap =
c>idx+comment[ext].length? c-comment[ext].length:
c>idx+1? idx+1:
c;
// カーソル位置を復元
Editor.MoveCursor( l, gap, selmode);
}
}

// 描画フラグを戻してから再描画
Editor.SetDrawSwitch(1);
Editor.ReDraw(0);

})();