新規ファイルのデフォルトの保存先を変更するには、
http://sakura.qp.land.to/?FAQ%2F21
のようにすればいいようです。

詳しくないので間違ってるかもしれないですが、
新規起動サクラのデフォルト保存先は起動元プログラムのカレントフォルダを引き継ぐ仕組みになっているような気がします。
例えばデスクトップ上のreadme.txtを開いているサクラから新規起動されたサクラのデフォルト保存先はデスクトップになるし、マイドキュメントのreadme.txtを開いているサクラから新規起動されたサクラのデフォルト保存先はマイドキュメントになるし、もちろん、そのルールからしてプログラムフォルダ上のreadme.txtを開いているサクラから新規起動されたサクラのデフォルト保存先はプログラムフォルダになる、という動きをするようになっているのかなぁ？、と思います。
で、起動元は別プログラムかもしれないけれど、起動元のカレントを引き継ぐ、と。
たぶん、サクラ自身は起動元が何かを意識せずに動いているので、シェルからの新規起動では、ショートカットで作業フォルダ指定が必要になる、ということなのかなぁ、と思うのですが...

sakurauserさんの例の場合、明示指定した覚えはないけれど、たまたま起動元のカレントフォルダがC:\Program Files\sakura\になってしまっていた、ということではないのかな？