とりあえず知っていることをまとめてみました。長いです。ごめんなさい。

まずいままでの推移。INCMを駆使して探しました。
INCMで探すのが面倒なのでタイトルと日付つき。
>>dev:651 テスト版置きました 01/08/28
コントロールプロセスのカレントをsakuraのディレクトリに。
>>data:2152 [提案]カレントディレクトリ 02/07/31
私の妄想。いまだに外部コマンド実行では指定できない。
なお外部コマンド実行の「カレントディレクトリを設定できるように」の要望はGAEさんが先。>>data:523
>>dev:2277 fix020818.zip 02/08/22
要望を書いてから22日たったけど返信がなくてさびしいのでパッチを書いた。
実ははるか昔はダイアログを開くと勝手に変わるので、
「たまたまファイル＝カレントディレクトリ」になってた。
コマンドプロンプトで、 C:\>sakura.exe D:\folder\file.txt
とするとカレントディレクトリ=C:\のままファイルを開いた。
このときの相対タグジャンプおよび外部コマンド実行はもちろんC:\からの相対だった。
それはそれで便利な気もするけど。
もともとエクスプローラは開いているパスをカレントにしてプログラムを実行しているのでそれと食い違う。(たぶん)
それをファイルの場所＝カレントディレクトリに固定するようにした。
リリースでいうと1.3.3.0で統合されたみたい。
>>data:2699 要望：新規保存時のダイアログの初期フォルダ 03/02/05
カレントディレクトリにして欲しい。
返信で「最近使ったファイルの一番上のファイル」に2002/9/9に変更したという記述。
>>dev:2638 1.3.8.1の取り込み＆修正 03/03/30
これはカレントディレクトリにしたという確認
>>data:2848 1.3.8.1 03/03/30
そのリリース記事。
>>data:3028 1.3.10.1 03/06/23
タスクバー(Ctrl+Alt+Z)からの新規作成はカレントディレクトリがMRU0番目になるように変更
1.3.8.1より前はカレントディレクトリ＝sakura.exeでファイル保存の初期フォルダがMRU0という動作だったはず。
(違いは後述)
>>data::6576 【不具合】フォルダが削除できない 08/02/06
ウィンドウを開いているとカレントディレクトリになって削除できないフォルダがあるという話