もかさんの指摘を受けて、

1.設定方法を変更してみました。

2.設定した機能の中に『共通設定』が無かった場合、自動的に『共通設定』を追加する。

以上2点変更したものをあげました。
ご意見の待ちしています。

▼ anonymousさん
> ソースも見ずにコメントするのですが、
> メニューが不正だったりとか空になった場合に復旧する手段はありますでしょうか
> メニューを設定する画面を表示するメニュー自体がなくなると手詰まりですよね
> （iniファイルを削除するというのは無しです

メニューが不正の意味がはっきりしないので、確実なことはいえませんが、
「共通設定『メインメニュー』」での設定時に、メニューの中に「共通設定」が無ければ、
自動的に「共通設定」を追加するようにしています。
したがって、クリアしてもメニューから再設定が出来なくなることはありません。