該当行マークと Grepが共有してるのが検索条件だけで検
索を行うコードを独自に持っているとは知りませんでした。

該当行マークは CSearchAgent::SearchWordにすべてを
任せるように書き換えられると対応できますが、Grepは
* 一行ごとに検索
* 検索対象が外部ファイル
という違いがあるために CSearchAgent::SearchWordが
使えません。CSearchAgent::SearchWordから呼ばれて
通常検索を担う CSearchAgent::SearchString関数の
単語検索バージョン(※これの名前こそ SearchWordにし
たかった)を用意することで Grepからもコードが共有で
きるのではないかと思います。と、今は考えているだけな
のでパッチがおありでしたらどうぞコミットしてください。