>この設定しても保存されないという仕様は、使用者には分かり辛いような。
これは、旧サクラのsakura.iniの「読み取り専用属性」の代替機能なので、こうなっています。
もちろん、保存されないのを承知で使う機能です。
例えば、まだフロッピーを使っている人で、デフォルト設定部分を削除したsakura.ini使いの人とか、
sakura.iniを何かで共有していて、書き換えられると困る人向けです。
>単純に sakura.ini から sakura_hist.ini 部分の分離じゃだめなんでしょうか？
>それとも、iniの仕様変更前の前段階のテスト的な実装でしょうか？
「単純に」というと、何か誤解してるのか私の説明が悪いのかわかりませんが、
オプションではなく、履歴の分離を必須にするって意味ですか？
オプションにしたのには特に信条があってそうしたのではなく、サクラは保守派が強いので、ファイルが増えたり仕様が変わるのを嫌う人もいるかな位です。
それとも、履歴の分離のみ有効にしたいって意味なら、読み取り専用と履歴分離はそれぞれ独立して設定できます。
デフォルトではどちらもOFFで、直接iniを書き換える必要があるので、玄人用です。

>・終了時に常に更新されるのが、sakura_hist.ini で
>・設定の変更時のみ更新されるのが、sakura.ini
これはこれで便利そうなので、このようにする機能も付けてもいいとは思います。
読み取り専用オプションを「読み書き」「変更時」「読み取り専用」の3つから選べるようにするか、
または、履歴が「分離」または「なし」のときで、読み取り専用がOFFのときには、必ずそうするか。

なにか想定している使い方とかあれば、それを書いてもらえると参考になります。